Die Geschichte des Museums begann 1845, als Vertreter der baltisch-deutschen Geistesschaffenden der Stadt den Naturforscherverein zu Riga mit einem Museum und einer Bibliothek gründeten. Im Verein vereinigten sich Enthusiasten der Natur des Baltikums (B. A. Gimmerthal, F. Buse, A. E. Merkel u. a.), die sich als Hauptaufgabe die Forschung der örtlichen Natur, Bildung von Sammlungen und Popularisierung der Naturwissenschaften stellten.
Zugrunde des neueröffneten Museums wurden die von Gründern selbst geschenkten Sammlungen gelegt. Im Museum des Naturforschervereins wurden die damals vollständigsten Sammlungen von Tieren, Pflanzen und Mineralien des Baltikums sowie umfangreiche Sammlungen ausländischer Natur zusammengefasst und bearbeitet. In Riga arbeitete aber bereits seit 1773 eines der ersten öffentlichen Museen in Europa – das Himselmuseum, das die Familie der Ärzte und Pharmazeuten von Himsel der Stadt Riga geschenkt hatte.
1972 nahm das Naturkundemuseum der Lettischen SSR an der Gründung der damaligen UdSSR-Abteilung des Internationalen Museumsrats ICOM teil, der Museumsdirektor war im Büro dieser Abteilung tätig.
1981 erschienen die ersten Ausgaben des Sammelwerks „Die Natur und das Museum”. Mit der Eröffnung der Naturschutzabteilung und –dauerausstellung 1976 beginnt eine neue Richtung, die sich zu einer vielseitigen Umweltbildungsarbeit entwickelt.
Das Museum verwahrt umfangreiche Sammlungen der Natur Lettlands und der Welt, deren gesamte Stückzahl 183 000 beträgt. Seit 1999 befindet sich das Museum in der Zuständigkeit des Umweltministeriums. Das Museum hat 6 Ausstellungsabteilungen, einen Sammlungsbestand, eine Ausstellungs- und Informationsabteilung, ein Taxidermie-Labor, eine Bibliothek und ein Fotolabor.
2001 wurde im Museum der interne Computernetzwerk mit 32 Werkstationen eingerichtet. Zur Verwirklichung eines umfassenden Programms von Umweltschutzbildungsmassnahmen bildet das Naturkundemuseum neue und ergänzt die vorhandenen Sammlungen der Natur Lettlands und der Welt, lehrt ein behutsames Umgehen mit der Natur und eine vernünftige Ausnutzung deren Schätze.
