История музея отображает события, начиная с 1845 года, когда представители интеллигенции балтийских немцев Риги основали Общество исследователей природы (РОИП) с музеем и библиотекой. В обществе объединились энтузиасты природы Балтии (Б.А. Гиммерталь, Ф. Бузе, А.Э. Меркель и др.), которые главной целью выдвинули исследование местной природы, создание природных коллекций и популяризацию естествознания в обществе.
Первые коллекции, подаренные самими основателями, стали основой для коллекции нового музея. В музее рижского общества исследователей природы были собраны и обработаны самые полные коллекции животных, растений и минералов Балтии того времени, а также разносторонний материал природы других стран. Однако в Риге уже с 1773 года начал работу музей Химзеля (один из первых общественных музеев в Европе), который Рижская ратуша получила в дар от рода врачей и фармацевтов Химзелей.
В 1972 году музей природы Латвийской ССР принял участие в основании отделения Международного совета музеев (ICOM) тогдашнего СССР, а директор музея работал в бюро этого отделения.
В 1981 году начинает выходить собрание статей «Природа и музей». С созданием экспозиции и отделения охраны природы в 1976 году начинается новое направление, которое превратилось в разностороннюю деятельность по экологическому образованию.
Музей хранит разнообразные коллекции предметов природы Латвии и всего мира, которые насчитывают 183 000 единиц. С 1999 года музей работает в подчинении Министерства окружающей среды. Структуру музея составляют 6 отделений экспозиций, а также отделение собраний, выставочное и информационное отделение, таксидермическая лаборатория, библиотека и фотолаборатория.
В 2001 году в музее была создана внутренняя компьютерная сеть с 32 рабочими станциями. Для реализации обширной программы мероприятий по изучению окружающей среды музей занимается сбором новых и дополнением уже существующих коллекций предметов природы Латвии и всего мира, учит бережному отношению к природе и разумному использованию ее богатств.
